มีตำนานที่ควรเชื่อถือได้กล่าวว่าเมื่อปี พ.ศ. ๑๙๗๗ ฟ้าผ่าเจดีย์องค์หนึ่ง ณ เมืองเชียงราย(คือวัดพระแก้วในปัจจุบัน) ได้ค้นพบพระพุทธรูปองค์หนึ่ง ชาวเมืองเชียงรายได้เห็นเป็นองค์พระพุทธรูปปิดทองคำทึบทั่วทั้งองค์ ก็สำคัญว่าเป็นพระพุทธรูปศิลาสามัญ จึงเชิญไปไว้ในพระวิหารที่ไว้พระพุทธรูปในวัดแห่งหนึ่ง แต่นั้นไป ๒ เดือน ๓ เดือน ปูนที่ลงรักปิดทองหุ้มทั่วพระองค์นั้น กะเทาะออกที่ปลายพระนาสิก เจ้าอธิการในอารามนั้นได้เห็นเป็นแก้วสีเขียวงามคือหยกชนิดหนึ่ง จึงแกะต่อออกไปทั้งพระองค์ คนทั้งปวงจึงได้เห็นและทราบความว่า เป็นพระพุทธรูปแก้วทึบทั่งแท่งบริสุทธิ์ดีไม่บุบสลาย หน้าตักกว้าง ๔๘.๓ ซ.ม. สูงทั้งฐาน ๖๖ ซ.ม. คนชาวเชียงรายและเมืองอื่นๆ ก็พากันไปบูชานมัสการมากมาย ผู้รักษาเมืองจึงได้มีใบบอกลงไปถึงพระเจ้าสามฝั่งแกนเจ้าเมืองเชียงใหม่ เจ้าเมืองเชียงใหม่เกณฑ์กระบวนไปรับเสด็จพระมหามณีรัตนปฏิมากรขึ้นหลังช้างแห่มา ครั้นมาถึงทางแยกซึ่งจะไปเมืองนครลำปาง ช้างที่รับเสด็จพระมหามณีรัตนปฏิมากรก็วิ่งตื่นไปทางเมืองนครลำปาง เมื่อหมอควาญเล้าโลมช้างให้สงบแล้วพามาถึงทางที่จะไปเมืองเชียงใหม่ ช้างก็ตื่นไปทางเมืองนครลำปางอีก จนภายหลังเมื่อเอาช้างเชื่องรับเสด็จพระมหามณีรัตนปฏิมากร ช้างนั้นเมื่อมาถึงที่นั่นก็ตื่นขึ้นไปทางเมืองนครลำปางอีก ด้วยเหตุนั้นท้าวพระยาผู้ไปรับเห็นประหลาด จึงมีใบบอกไปถึงเจ้าเมืองเชียงใหม่นับถือผีสางมากนัก จึงวิตกว่าชะรอยผีซึ่งรักษาองค์พระจะไม่ยอมมาเมืองเชียงใหม่ก็ยอมให้เชิญพระมหามณีรัตนปฏิมากรไปประดิษฐานไว้ในเมืองนครลำปาง คนทั่งปวงจึงได้เชิญไปไว้ในวัดที่คนเป็นอันมากมีความศรัทธาสร้างถวายในเมืองนครลำปางนานถึง ๓๒ ปี และวัดนั้นยังเรียกว่าวัดพระแก้วมาจนทุกวันนี้ สันนิษฐานว่าคือวัดพระแก้วดอนเต้า
ครั้นปี พ.ศ. ๒๐๑๑ พระเจ้าติโลกราชได้ครองเมืองเชียงใหม่แล้ว ดำริว่าเจ้าเชียงใหม่องค์ล่วงแล้ว ยอมให้พระมหามณีรัตนปฏิมากรไปประดิษฐานอยู่เมืองนครลำปางนั้นไม่ควรเลย ควรจะอาราธนามาไว้ในเมืองเชียงใหม่ ทรงคิดแล้วจึงไปอาราธนาแห่พระมหามณีปฏิมากรมาสร้างพระอารามรูปกูฏเจดีย์ถวาย แล้วสร้างหอพระแก้วประดิษฐานไว้ในเมืองเชียงใหม่ และพระเจ้าเชียงใหม่ได้พยายามจะทำพระวิหารที่ไว้พระมหามณีรัตนปฏิมากรให้เป็นปราสาทมียอดให้สมควร แต่หาสมประสงค์ไม่ อสนีบาตตกลงต้องทำลายยอดที่ตั้งสร้างขึ้นหลายครั้ง จึงได้เชิญพระมหามณีรัตนปฏิมากรไว้ในพระวิหาร มีซุ้มจระนำอยู่ในผนังด้านหลัง สำหรับตั้งพระมหามณีรัตนปฏิมากร กับทั้งเครื่องประดับอาภรณ์บูชาต่างๆ มีบานปิดดังตู้เก็บรักษาไว้ เปิดออกให้คนทั้งปวงนมัสการเป็นคราวๆ แต่พระมหามณีรัตนปฏิมากรได้ประดิษฐานอยู่เมืองเชียงใหม่นานได้ ๘๔ ปี อย่างไรก็ดีบางตำนานก็กล่าวว่าพระแก้วมรกตประดิษฐานอยู่ในซุ้มทางทิศตะวันออกของเจดีย์หลวง ณ วัดเจดีย์หลวง เมืองเชียงใหม่
ครั้นปี พ.ศ. ๒๐๙๔ พระเชียงใหม่องค์หนึ่งซึ่งครองเมืองในครั้งนั้น ชื่อเจ้าพระยาไชยเชษฐา เป็นบุตรพระเจ้าโพธิสาร ซึ่งเป็นพระเจ้ากรุงศรีสัตนาคนหุตหรือประเทศลาว เพราะเหตูเจ้าเชียงใหม่องค์ก่อนได้ยกราชธิดาชื่อนางยอดคำ ให้ไปเป็นมเหสีพระเจ้าโพธิสารจึงมีราชบุตรคือเจ้าไชยเชษฐาองค์นี้ เมื่อเจ้าไชยเชษฐามีอายุได้ ๑๕ ปี เจ้าเชียงใหม่ผู้เป็นอัยกาธิบดี(ตา) สิ้นชีพ ไม่มีผู้อื่นที่จะรับหน้าที่เจ้าเมืองเชียงใหม่ ท้าวพระยากับพระสงฆ์ผู้ใหญ่ทั่งปวงจึงพร้อมกันไปขอเจ้าไชยเชษฐาผู้บุตรใหญ่ของพระเจ้าโพธิสาร และเป็นนัดดาของเจ้าเชียงใหม่นั้นมาเป็นเจ้าเชียงใหม่  ครั้นต่อมาพระเจ้าโพธิสารทิวงคต เกิดเหตุน้องของพระเจ้าไชยเชษฐาชิงราชสมบัติกัน เสนาบดีกรุงศรีสัตนาคนหุตจึงเชิญพระเจ้าไชยเชษฐาให้กลับไปยังเมืองหลวงพระบาง เพื่อระงับเหตุจลาจล เมื่อเจ้าไชยเชษฐาไปนั้นไม่แน่ใจว่า จะเลยอยู่เมืองหลวงพระบางต่อไป หรือจะกลับคืนมายังเมืองเชียงใหม่ จึงเชิญพระแก้วมรกตไปด้วย เมื่อปี พ.ศ. ๒๐๙๕ อ้างว่าจะเชิญไปให้ญาติที่เมืองหลวงพระบาง ได้นมัสการและบำเพ็ญการกุศล ครั้นพระเจ้าไชยเชษฐาไปถึงเมืองหลวงพระบาง เสนาบดีพร้อมกันเชิญให้ครองกรุงศรีสัตนาคนหุต พระเจ้าไชยเชษฐาเห็นว่า ทำอย่างอื่นบ้านเมืองจะไม่พ้นจลาจลจึงรับครองกรุงศรีสัตนาคนหุตอยู่ ณ เมืองหลวงพระบาง เพิ่มพระนามว่าพระเจ้าไชยเชษฐาธิราช เพราะเหตุที่ครองทั้งประเทศล้านช้างและล้านนาด้วยกัน ฝ่ายข้างท้าวพระยาเมืองเชียงใหม่ไม่พอใจจะเป็นเมืองขึ้นกรุงศรีสัตนาคนสุต จึงไปเชิญเจ้าเมกุฏิ ณ เมืองนายซึ่งเป็นเชื้อพระวงศ์ของพระเจ้าเชียงใหม่ ก็เกิดรบกรุงศรีสัตนาคนหุต พระเจ้าไชยเชษฐาธิราชไม่สามารถจะปราบปรามเมืองเชียงใหม่ได้ จึงคงรักษาพระแก้วมรกตไว้ที่เมืองหลวงพระบางต่อมา ๑๒ ปี
ถึงปี พ.ศ. ๒๑๐๗ พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองมีอำนาจขึ้น พระเจ้าไชยเชษฐาธิราชเห็นว่าตั้งอยู่ที่เมืองหลวงพระบางจะสู้ศึกพม่าไม่ได้ จึงย้ายราชธานีลงไปตั้งอยู่เมืองเวียงจันทน์ เชิญพระแก้วมรกตลงไปด้วย พระแก้วมรกตจึงไปประดิษฐานอยู่ที่เมืองเวียงจันทน์ แต่นั้นมา ๒๑๔ ปี
ครั้นถึงปี พ.ศ. ๒๓๒๑ เมื่อรัชกาลพระเจ้ากรุงธนบุรี เกิดการสงครามขึ้นในระหว่างกรุงธนบุรีกับกรุงศรีสัตนาคนหุต ครั้งนั้นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชเสด็จดำรงพระยศเป็นเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึก ได้เป็นจอมพลยกทัพขึ้นไปตีกรุงศรีสัตนาคนหุต ได้เมืองเวียงจันทน์แล้ว เชิญพระแก้วมรกตกับพระบางลงมายังกรุงธนบุรี พระเจ้ากรุงธนบุรีทำการสมโภชแล้วโปรดฯ ให้ประดิษฐานไว้ ณ โรงพระแก้วในบริเวณพระราชวังเดิมครั้นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงสร้างกรุงรัตนโกสินทร์เมื่อปี พ.ศ. ๒๓๒๕ โปรดฯ ให้สร้างพระอารามขึ้นในพระราชวัง เป็นที่ประดิษฐานพระแก้วมรกต ครั้นพระอุโบสถสร้างสำเร็จจึงโปรดฯ ให้เชิญพระแก้วมรกตแห่มาประดิษฐานในพระอุโบสถวัดพระศรีรัตนศาสดารามเมื่อวันที่ ๒๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๓๒๗ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงพระราชดำริสร้างเครื่องทรงถวายสำหรับฤดูร้อนอย่างหนึ่ง ฤดูฝนอย่างหนึ่ง เปลี่ยนทรงตามฤดู ครั้นถึงรัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชดำริว่าสร้างเครื่องทรงฤดูหนาวอีกอย่างหนึ่ง จึงทรงเปลี่ยนเป็นเครื่องทรง ๓ อย่างตามฤดูมาจนถึงทุกวันนี้
พระราชพิธีเปลี่ยนเครื่องทรงพระแก้วมรกตนั้นกระทำกัน ๓ ครั้งต่อหนึ่งปี ในสมัยก่อนพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงประพรมน้ำพระพุทธมนต์เฉพาะเจ้านายและขุนนางที่เฝ้าอยู่ภายในพระอุโบสถเท่านั้น แต่ในรัชกาลปัจจุบันพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระมหากรุณาเสด็จพระราชดำเนินลงมาทรงประพรมน้ำพระพุทธมนต์พระราชทานแก่ประชาชนที่คอยเฝ้ารอบพระอุโบสถด้วย นับเป็นการทรงเริ่มต้นประเพณีใหม่อย่างหนึ่ง